제주 추자해양도립공원 자연자원조사 보고서에 따르면 추자해양도립공원에서 출현한 해조류 종수는 200종에 육박해 우리나라 및 제주도 주변 연안에 비해 매우 높은 종 다양성을 유지하고 있는 것으로 나타났다.

해조류 생물량은 문섬, 마라도 등 제주도 부속섬 보다 낮게 측정됐으나 제주도 연안 및 한반도 연안의 다른 지역보다 매우 높은 수준을 유지하고 있는 것으로 조사됐다.

특히 주요 우점종은 감태, 모자반류 등 대형 갈조들로 대부분 구성되고 있으며, 해조류 소실현상은 관찰되지 않고 있어 매우 청정한 상태의 해양환경을 간직하고 있는 것으로 나타났다.

추자도내 무인도 등에 사람들에 의해 염소 등이 방목되어 섬의 생태환경을 파괴되는 것으로 드러났다. 이에 멸종위기 야생식물은 확인되지 않았다.

적색목록종(CR, EN, VU)은 확인되지 않았으나 준위협종(NT)인 덩굴민백미꽃은 분포하는 것으로 나타났다.

또한 한반도고유식물인 백운산원추리(Hemerocallis hakuunensis Nakai) 1종이 3개의 섬에서 확인됐다.

천연기념물이며 멸종위기 야생생물I급인 매, 멸종위기 야생생물II급인 흑비둘기, 섬개개비 등도 확인됐다.

식물 조사기간 2019년 4월~9월이며 출현종수는 55과 121속 126종 1아종 10변종 총 137분류군(문헌조사 포함 총65과 151속 173종 2아종 18변종 2품종 총 195분류군)등이 조사됐다.

식물구계학적 특정식물은 Ⅳ등급 연화바위솔, 덩굴민백미꽃 2분류군, Ⅲ등급 병풀, 낚시돌풀, 천선과나무 등 15분류군, Ⅱ등급 번행초, 세뿔석위, 모람 등 5분류군, I등급 홍지네고사리, 콩짜개덩굴, 반디지치 등 25분류군이 출현해 총 47분류군이 분포하는 것으로 파악됐다.

국외 반출 승인대상식물은 낚시돌풀, 감탕나무, 털머위 등 총 28분류군이 국가기후변화지표식물은 다정큼나무, 동백나무, 후박나무 등 13분류군, 외래식물(귀화식물)은 미국자리공, 흰명아주, 방가지똥 등 5분류군 발견됐고 생태계교란식물은 없는 것으로 나타났다.

생태적 특징을 보면 해안 식물, 남방계식물 등이 주 분포종으로 난대성 식물이 분포해 전형적인 한반도 남부 섬 식물상의 특징이 뚜렷이 나타났다.

동물은 총 3과 3종(문헌조사 포함 총 3과 3종)으로 염소, 굴토끼, 집쥐가 조류는 총 17과 31종 626개체(문헌조사 포함 총 25과 56종)가 발견됐다.

곤충류는 총 50과 110종 출현(문헌조사 포함 총 54과 117종)됐고 기후변화지표종인 각시메뚜기 등 1종, 국외반출승인대상종은 소나무비단벌레, 꽃무지, 참검정풍뎅이, 파리매, 왕꽃등에,
방아깨비, 콩중이, 왕귀뚜라미 등 8종이 발견됐다.

3개 무인도서에서 풀굴나방과 1종, 명나방과 2종, 잎말이나방과 1종은 국내 미기록종으로 확인됐다.

연체동물은 총 46과 103종(문헌조사 포함 총 62과 192종)으로 주요종은 준위협종 누더기삿갓조개, 국외반출승인 대상종 군부, 두드럭고둥, 두드럭배말, 바위굴, 소라, 예쁜눈알고둥, 오분자기, 큰입술갈고둥, 홍합, 흑색배말, 국가기후변화지표종: 큰입술갈고둥, 오분자기(후보종) 등이 발견됐다.

해양어류는 총 30과 70종(문헌조사 포함 총 45과 110종)이 출현됐고 주요종은 IUCN(세계자연보전연맹) 적색목록(red list)종 42종(멸종위기: 1, 준위협: 1, 관심대상: 35, 정보부족: 5종)이 확인됐다.

산호충류는 총 6과 9속 12종(문헌조사 포함 총 15과 20속 31종)이 출현했고 문화재청 지정 천연기념물, 해양수산부 지정 해양보호생물, 환경부지정 멸종위기 야생생물II급, 한반도 고유종 등은 확인되지 않았다.

산호충류는 해계두목인 곤봉바다맨드라미과와 뿔산호과가 주로 출현했다.

한편 훼손지인 청도와 직구도에 대한 염소의 포획 계획 수립 및 시행이 필요하다는 지적이 나왔다.

또한 낚시행위에 의한 폐납의 수거 계획 수립 및 시행이 필요하고 정기적인 산림 및 해양쓰레기 처리에 대한 대책 마련과 함께 추가 시설물(안전유의 등) 설치와 관리 인력의 관찰경로 마련이 필요한 것으로 나타났다.