우도해양도립공원내 보호대상종은 멸종위기 야생생물II급인 그물공말, 흰수지맨드라미, 밤수지맨드라미, 해송 등이 출현됐으며 미기록 추정종은 고목나무말. 개서실속 등이 서식하는 것으로 나타났다.

우도해양도립공원에서 조사기간 동안 출현한 해조류 수는 241종이 나타나 우리나라의 다른 연안 및 제주도 인근 연안과 비교했을 때 가장 우수한 생물다양성을 보이고 있는 것으로 나타났다.

해조류 생물량 또한 우리나라 및 제주도 주변 연안의 어떤 곳보다 높은 수준으로 나타났다.

우도 지역은 해조류 생물량 및 다양성 측면에서 우리나라 연안 중 가장 중요한 지역으로 사료되며 이 지역의 해양환경을 보전해야할 가치가 높은 것으로 조사됐다.

이는 우도해양도립공원에 대한 자연자원조사 보고서 결과다. 보고서는 우도지역 주요 보호종에 대한 서식지관리가 필요하다고 지적했다.

국내에서 종다양성이 가장 높고 안정된 상태인 우도 연안 일대에 보호가 필요하고 해안선 개발 및 오폐수 배출 등의 간접적인 유해요인 최소화와 해양쓰레기(스티로폼, 헌그물, 낚시용 납돌 및 통발) 제거작업을 통한 수산자원 보호 및 환경 개선이 필요하다고 보고서는 밝혔다.

우도해양도립공원의 전체 면적은 25.863㎢이며 공원자연환경지구와 공원집단시설지구로 구분되며 지난 2008년 도립공원 지정이후 2018년 7월 1일∼2019년 12월31일(18개월) 처음으로 자연자원조사를 실시했다.

계절별 수질등급 ▲가을에는 엽록소 a 증가 영향으로 2등급의 수질을 보였고 ▲겨울에는 투명도 감소와 용존무기인의 증가 영향으로 2등급의 수질을 보였다.
 
봄철에는 투명도와 용존산소 감소와 엽록소 a 증가 영향으로 4등급의 수질을 보였다.

중금속 전 항목은 해양생태계 보호 기준, 사람건강 보호 기준에 만족했다.

해양퇴적물 4개 정점을 선정해 조사한 결과 모래질이 우세했으며 대부분 항목에서 기준 이하로 조사되어 해양퇴적물의 오염정도는 양호한 상태로 판단됐다.

동물플랑크톤은 총 48분류군 22종(문헌조사 포함 42종)으로 제주 주변해역의 생물분포는 장강 희석수, 대마난류수 등 다양한 수괴의 계절적 변동에 따라 영향을 받기 때문에 이에 따른 동물플랑크톤 변동 연구가 필요하다고 보고서는 밝혔다.

식물플랑크톤은 총 42종 출현(문헌조사 포함 157종)으로 전체 종조성은 규조류가 73.8%로 종조성의 대부분을 차지했다.
 
해조류는 현지조사결과 녹조류 28종, 갈조류 52종, 홍조류 162종으로 총 242종 출현했고, 문헌조사결과 녹조류 42종, 갈조류 72종, 홍조류 213종으로 총 327종이 기록됐다.

이번 조사를 통해 문헌기록 포함 녹조류 51종, 갈조류 79종, 홍조류 261종 등 총 398종이 기록됐고 멸종위기 야생생물II급인 그물공말이 발견됐다.

적색목록은 출현하지 않았으며 고유종은 푸른빛붉은혀, 명주비단망사, 큰털붉은실, 간세털붉은실, 새고들서실, 민털보라색우무, 제주보라색우무등 19종이 확인됐다.

국외반출승인대상종은 녹조류 26종, 갈조류 48종, 홍조류 116종 등 총 190종이 기후변화지표종은 구멍갈파래, 옥덩굴, 청각, 작은구슬산호말, 그물바구니, 부챗말 등 6종을 확인했다.

연체동물은 52과 149종(문헌조사 포함 60과 192종)을 확인했고 ▲준위협종(NC)인 깜장짜부락고둥, 넓은입고둥, 누더기삿갓조개, 두점잠쟁이가 출현했고 ▲국외반출승인 대상종인 군부, 두드럭고둥, 흑색배말, 비단군부. 큰입술갈고둥, 오분자기, 소라, 예쁜눈알고둥, 홍합, 뿔조개 등이 ▲기후변화지표종은 큰입술갈고둥, 오분자기 등을 확인했다.

절지동물은 67과 129종 892.8개체/㎡로 ▲고유종(짧은주름이형올챙이새우, 돌기머리세아가미불구다리원시바다대벌레, 세주머니 붙은눈옆새우, 큰손참옆새우) 4종 ▲국외반출승인대상종은 짧은주름이형올챙이새우, 돌기머리세아가미불구다리원시바다대벌레, 꽃마두드러기꽃게, 접시부채게, 줄새우 아재비, 흰해삼속살이게, 등 12종 ▲기후변화지표종은 검은큰따게비 1종이 확인됐다.

출현종 가운데 등각류, 단각류, 십각류가 차지하는 비중이 매우 높은 것으로 났으며 그 중에서도 단각류는 개체밀도에 있어서 전체 분류군의 약 70%를 차지하는 것으로 나타났다.

해양어류는 32과 83종 출현했고 IUCN(세계자연보전연맹) 적색목록(red list)종 40종(취약: 1, 준위협: 2, 관심대상: 32, 정보부족: 5종)이 확인됐다.

산호충류는 총 6과 7속 13종(문헌조사 포함 총 6과 7속 13종)이 출현했고 ▲문화재청 지정 천연기념물 제456호 해송 ▲환경부 지정 멸종위기 야생생물II급인 흰수지맨드라미, 밤수지맨드라미, 해송 ▲해양수산부 지정 해양보호생물인 흰수지맨드라미, 밤수지맨드라미, 실해송, 해송 ▲한반도 고유종인 흰수지맨드라미, 밤수지맨드라미, 해송 등이 출현했다.

수심에 따라 크기가 대형인 다양한 수지맨드라미 산호충류가 다수 출현하고 있는 것으로 조사됐다.

한편 탐방객의 만족도는 3.95로 21개 국립공원 전체 탐방 만족도 평균 4.31점보다 낮게 나타났으며, 남성과 20~30대의 탐방만족도가 다소 높게 나타났다.