일제강점기 제주에도 고래잡이가 성행했던 것으로 나타났다. 포경선이 상주해 고래를 잡았고 일제의 고래 남획으로 제주해역의 대형고래는 전멸한 것으로 드러났다.

일제강점기 제주도수산물 제조가공업 기초자료조사(제주다문화교육.복지연구원 재외제주인센터)에 따르면 일제강점기 서귀포항 고래공장가 있었던 것으로 나타났다. 당시에는 포경선이 있어 연간 50-60마리의 고래를 잡았던 것으로 기록되어 있다. 기록에 의하면 일제는 1909년 동양포경주식회사를 설립하고 울산, 장전, 대흑산도, 거제도 등에 사업장을 설치했다.

1918년에는 대청도, 1926년에는 제주도로 그 사업장을 확대했다. 현재 고래공장 터는 해저 관광유람선의 대합실로 및 선착장으로 이용되고 있다. 인근에 1933년 일본 동양포경주식회사가 새운 ‘포경선조난추도비’가 남아 있는 것으로 알려지고 있다.

일제하 1937년 조선일보 기사에 제주도 서귀면 서홍리에 있는 일본 수산포경사무소 소유 사척의 포경선은 9월 하순에 출장해 십일두(頭)의 포경을 하고 돌아왔다는 기록이 있었다.

또한 10월 한 달 동안에 44두라는 놀라운 만치 대량의 고래를 잡았다. 제주도 근해의 최고 포경기록이 1년간 38두였는데 그 기록을 1개월 중에 돌파했다고 전했다.

사진으로 보는 제주역사에 따르면 1920-30년대 서귀포 앞의 풍경은 새섬 방파제가 길게 놓여 있으며, 그 앞으로 고래공장이 들어서 있다.

서귀포에 있던 고래공장은 1950년대까지 있었는데, 지금은 매립돼 서귀포 유람선 선착장으로 쓰고 있다.

서귀포시 정반동 한 노인은 “일제 강점기 일본인들이 포경선을 운영했다. 일본 사람들이 고래 고기를 잡아 나눠 먹고, 틈틈이 주민들에게 나눠주는 것을 본 적이 있다”고 증언했다.